Avant le moyen-âge, on utilisait principalement de la poussière de charbon diluée (encre de chine). Cette encre était de couleur noire.
Mais depuis le moyen-âge, et jusqu’au dernier siècle où les écoliers utilisaient une plume, on produisait plutôt une encre “métallo-gallique”, plus résistante dans le temps. On prenait des galles (les protubérances rondes qui poussent sur les feuilles de chênes, lorsqu’une guêpe y pondent un œuf - protubérance qui protège la larve). Ces galles sont riches en tanins, qui réagissent avec des sels métalliques pour produire une encre de couleur … noire… aussi. Voire un peu violette ou bleu nuit. Mais pas bleue.
J’imagine que l’encre de couleur bleue est finalement assez récente. Peut-être liée aux stylos plumes et aux cartouches ? Peut-être liée à l’arrivée des stylos billes qui nécessitent une encre particulière ?
Il semble que l’origine est là, et que l’usage a subsisté en lien avec la reprographie : lorsque l’on utilisait du papier carbone, l’original était en bleu, et les copies en noir. La pratique a été conservée pour différencier polycopiés (issues d’imprimantes, fax et photocopieuses) de textes écrits à la main, comme par exemple sur un formulaire.